Enjeux de la sélection végétale

La diversité des plantes utiles représente un héritage culturel qui s’est construit sur la diversité génétique des plantes sauvages et cultivées grâce à la sélection végétale. La richesse de cette diversité est indispensable à la viabilité du système agroalimentaire, permettant d’emprunter plusieurs voies possibles lors d’aléas et de fluctuations des conditions.

Depuis l’apparition de l’agriculture, des plantes sont domestiquées au cours d’un long processus, de manière fortuite ou ciblée. La sélection végétale concentre des caractéristiques intéressantes pour la culture, la récolte ou la conservation. Les migrations humaines apportent de nouvelles espèces à nos cultures, comme la carotte d’Asie ou le maïs d’Amérique. Au 19e siècle, la sélection se professionnalise et fait naître le commerce de graines en Europe pendant que la science découvre les principes de l’hérédité biologique. La révolution industrielle conçoit au début du 20e siècle les engrais de synthèse pour s’affranchir des conditions naturelles.

Comprendre le passé pour relever les défis de demain

La sélection végétale prend alors deux directions, l’une pour développer des variétés dépendantes des engrais chimiques, et l’autre pour l’agriculture biologique. À partir des années 1950, l’introduction de variétés hybrides constitue un nouveau tournant : elles donnent une production uniforme et mécanisable mais leurs caractéristiques spécifiques ne se conservent généralement pas aux générations suivantes. Contrairement aux plantes issues de semences reproductibles, dont on peut collecter les graines pour les ressemer année après année.

Avec l’émergence des brevets et du génie génétique, le marché des semences se concentre. Les trois plus grands semenciers détiennent aujourd’hui près de la moitié du marché, et l’utilisation à grande échelle de variétés modernes uniformes et à haut rendement entraîne une érosion de la diversité génétique cultivée : 30 000 espèces comestibles sont répertoriées à travers le monde. Mais aujourd’hui, 75 % de l’alimentation de l’humanité provient de seulement 12 plantes et 5 espèces animales (FAO, 1999).

Le botaniste Alphonse de Candolle a publié en 1883 une étude intitulée « L’origine des plantes cultivées ». Il y décrit 249 plantes cultivées et leur origine sauvage, le début de leur culture et leur dispersion sur les continents. Seules deux espèces, le maïs et la fève, n’ont alors pas été trouvées à l’état sauvage, l’auteur présumant qu’elles sont éteintes dans la nature ou en voie d’extinction. Le maïs sauvage – téosinte – pousse en bordure et dans des champs de maïs cultivé et les différences entre les deux sont telles qu’il a fallu des analyses génétiques à la fin du 20e siècle pour le comprendre. La plante sauvage à l’origine de la fève commune n’a toujours pas été identifiée à ce jour.

Les cousins sauvages de nos plantes cultivées

Pourquoi s’interroger sur l’origine de nos plantes cultivées ? Pour retracer l’histoire de l’agriculture, mais aussi tirer profit de la diversité existante pour créer de nouvelles variétés. La sélection végétale tente de réunir en une seule plante les caractères souhaités de plusieurs espèces. Le génome de nos pommiers modernes se compose principalement des génomes de trois espèces sauvages. On compte en Suisse environ 1200 variétés de pommes génétiquement différentes obtenues à partir d’espèces mères de taille, de couleur, de goût différents, mais aussi avec diverses résistances.

La moitié de la flore sauvage suisse peut être considérée comme Crop Wild Relative CWR, des plantes sauvages apparentées plus ou moins étroitement aux plantes cultivées et pouvant échanger des gènes avec ces dernières. Les CWR possèdent un patrimoine génétique très large, mais elles ne couvrent plus qu’une petite partie du territoire. Les variétés cultivées sont présentes sur de très grandes surfaces mais possèdent un pool génétique restreint.

Des projets ont été lancés ces dernières années car il est nécessaire et urgent de préserver les CWR. Elles forment une ressource précieuse pour l’agriculture, mais sont elles-mêmes touchées par le changement climatique et d’autres menaces. Depuis 2002 et la création de nombreuses surfaces de promotion de la biodiversité partant d’une bonne intention, une partie de ces surfaces ont été réensemencées avec des mélanges de semences standards et non régionaux. Cela comporte un risque d’altération de la flore sauvage et de modification de la structure génétique des espèces et de leur diversité.

Préserver la diversité, renforcer la robustesse

Fondamentale pour l’avenir de l’agriculture, la diversité génétique représente une source de gènes de résistance par exemple aux ravageurs, aux maladies, à la chaleur ou à la sécheresse. Pour répondre à des impératifs de production, les hommes ont misé sur des performances pour l’alimentation ou la santé, mais ont perdu certaines qualités. Dans son ouvrage « Kulturpflanzen der Schweiz » (2025), Peer Schilperoord détaille ces caractéristiques développées par la sélection naturelle et par l’homme. Il donne l’exemple des substances amères pouvant avoir un effet dissuasif sur les ravageurs. Si on les élimine par sélection pour plaire aux consommateur ·trices, les plantes cultivées sont alors exposées à un risque accru d’être attaquées et dévorées.

Une espèce peut être endémique et adaptée au site à un moment donné, mais ne pas faire preuve d’adaptabilité. L’environnement est en constante évolution et la nature s’adapte avec différentes stratégies. C’est la définition de la robustesse : maintenir un système stable et viable malgré les fluctuations. Plus un organisme vivant, une espèce ou un écosystème est hétérogène, plus il est riche en informations permettant de faire face aux aléas. Nos sociétés modernes ont cherché, dans tous les domaines, les gains de performance et les optimisations.

Quand l’optimisation affaiblit les systèmes

Mais optimiser à outrance, c’est fragiliser : en se focalisant sur l’amélioration d’une fonction, on oublie les autres. Cela amène à des ruptures. L’épidémie de rouille noire dans les années 1930 aux États-Unis en est un exemple décrit par Peer Schilperoord (2025) : la culture d’orge était menacée par ce champignon pathogène, et a été sauvée par des croisements avec des variétés locales originaires de Suisse. En Suisse dans les années 1930 – 1940, les variétés cultivées démontrant une bonne résistance ont été collectées dans la banque de gènes. Leur conservation prend tout son sens au vu des épidémies de rouille qui se propagent dans le monde.

Si les écueils ont toujours existé, les bouleversements s’intensifient et s’accélèrent. La course aux optimisations n’est qu’une illusion à court terme de sortir d’une crise. Traiter des symptômes, maladies, ravageurs ou climat chaud ou sec, ce n’est pas prendre le problème à la racine, à savoir une perte du patrimoine génétique et de la biodiversité en général. La diversité est la seule voie à long terme pour l’agriculture, à soigner avec fierté et humilité, en prenant le temps de l’observation et de la compréhension.

Pour prévenir une maladie, choisir une variété adaptée à des conditions données aide mais ne résout pas tout. Souvent la cause de la maladie ne réside pas dans la plante elle-même, mais dans la manière dont elle est cultivée. L’agriculture paysanne, ancrée dans son territoire et visant la suffisance et l’autonomie, offre une résilience à notre système alimentaire.